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生信小貼士-如何一眼看穿基因DNA的Intron與Exon序列

發(fā)布時(shí)間:2022-01-24

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文獻(xiàn)引用:doi: 10.1093/nar/gkh103
使用網(wǎng)站UCSC Genome Bioinformatics
這個(gè)網(wǎng)站是個(gè)什么東東?是存放生物參考基因組的網(wǎng)站之一??晒g覽、下載的基因組除了人、常見模式生物外,還有其他如蜜蜂、蚊子、埃博拉病毒等基因組數(shù)據(jù)。
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本文,我們來(lái)探討如何獲取一個(gè)基因的Exon與Intron。
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步驟1
打開下面的UCSCGenome Bioinformatics主頁(yè)鏈接:genome.ucsc.edu/index.h
選擇Tools下拉菜單Table Browser,你會(huì)看到下面的頁(yè)面

步驟2
注意圖中紅色箭頭所指的位置,現(xiàn)在的位置是默認(rèn)的,我們需要輸入想要的基因如POLE或參考序列名稱如NM_006231.3。將進(jìn)入下面的頁(yè)面。

步驟3
點(diǎn)擊first個(gè)鏈接,進(jìn)入下面的頁(yè)面??梢钥吹郊t色箭頭所指的染色**置已經(jīng)改變。

步驟4
點(diǎn)擊上圖中,綠色的位置:getoutput按鈕。進(jìn)入下面的頁(yè)面

步驟5
點(diǎn)擊上圖中,submit按鈕。進(jìn)入下面的頁(yè)面。

步驟6
上圖紅色框起來(lái)的都打勾,因?yàn)槲覀僂xon與Intron都要;
上圖藍(lán)色框起來(lái)的打勾,這個(gè)是區(qū)分序列中外顯子與內(nèi)含子的;
點(diǎn)擊下方getsequence按鈕。進(jìn)入下面的頁(yè)面。


OK!這就是我們要序列。Exon以大寫字母表示,Intron以小寫字母表示,很清楚了。

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