Hi- Primers介紹
精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)時代,靶向特異區(qū)段重測序的需求日益增加,樣本量常達(dá)上千個,只用傳統(tǒng)的Sanger法或目標(biāo)區(qū)域雜交捕獲測序價格昂貴。因此基于超高重PCR的擴(kuò)增子捕獲測序應(yīng)對該區(qū)段范圍適用性強(qiáng),針對連續(xù)區(qū)段,外顯子靶標(biāo)以及客戶指定位點(diǎn),特異設(shè)計(jì)優(yōu)化捕獲引物,多重PCR一次捕獲所有位點(diǎn),提供預(yù)混引物以及反應(yīng)試劑,方便客戶自行實(shí)驗(yàn)。
上海翼和生物超高重PCR建庫技術(shù),利用自主開發(fā)的多重PCR引物設(shè)計(jì)軟件,結(jié)合知識密集型的多重PCR優(yōu)化技術(shù),克服擴(kuò)增效率不均一問題,保證每個擴(kuò)增子間拷貝數(shù)的均一性(利用ABI 7900定量PCR檢測多重PCR產(chǎn)物,根據(jù)ct值判讀產(chǎn)物濃度,確保產(chǎn)物間的均一性)。
使用超高重PCR建庫試劑盒Hi- Primers,在建庫過程中引物端自動加上區(qū)分樣本barcode,無需二次建庫,兩輪PCR完成整個建庫過程。試劑盒內(nèi)容包含:靶向捕獲特異性引物Mix,測序平臺定制接頭,純化試劑,擴(kuò)增反應(yīng)體系等。只需擁有自己的測序平臺,Hi- Primers幫您完成建庫所有問題。
應(yīng)用領(lǐng)域:孟德爾遺傳性疾病的篩查和診斷,精準(zhǔn)醫(yī)療研究與應(yīng)用等。
試劑盒適用測序平臺
Hi- Primers建庫流程示意圖
試劑盒定制流程
引物設(shè)計(jì):根據(jù)客戶需求(對連續(xù)區(qū)段,外顯子靶標(biāo)以及客戶指定位點(diǎn)),基于超高重PCR的擴(kuò)增子捕獲測序,利用上海翼和生物自主開發(fā)的引物設(shè)計(jì)軟件,設(shè)計(jì)特異性捕獲引物。
引物優(yōu)化:利用多重PCR引物優(yōu)化技術(shù),使擴(kuò)增子間均一性好,保證每個擴(kuò)增子間拷貝數(shù)差異控制在平均深度的5~10倍以內(nèi)(利用ABI 7900定量PCR檢測多重PCR產(chǎn)物,根據(jù)ct值判讀產(chǎn)物濃度,確保產(chǎn)物間的均一性),90%擴(kuò)增子reads數(shù)大于15,不浪費(fèi)測序通量。
試劑盒組成:試劑盒包含包含從擴(kuò)增到建庫到測序前純化所用到的所有內(nèi)容,購買一個試劑盒即可完成整個建庫過程。
試劑盒內(nèi)容組成
序列 |
內(nèi)容 |
1 |
Hi -Primers建庫試劑盒操作說明書 |
2 |
引物序列信息 |
3 |
定量PCR質(zhì)檢報(bào)告 |
4 |
特異性捕獲引物Mix(提供1000 Sample預(yù)混引物) |
5 |
上下游標(biāo)簽引物 |
6 |
陰性/陽性對照DNA |
7 |
PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系 |
試劑盒參數(shù)
試劑盒參數(shù)
DNA樣本
DNA濃度15ng/ul,濃度5-15ng/ul需提前說明
均一性
95%擴(kuò)增子測序深度在0.2X平均測序深度以上
覆蓋度
100X平均測序深度,100%擴(kuò)增子覆蓋
適用平臺
Illumina Hiseq2500,Miseq,X10等主流測序平臺
平均擴(kuò)增子長度
約200bp(游離DNA<150bp)
試劑盒實(shí)驗(yàn)流程