多重長片段PCR打斷建庫技術應用于QTL精細定位，對少量近等基因系樣本進行較大區(qū)間（50-200kb）的序列分析，解決加密標記無法找到多態(tài)性標記的問題，可對目標區(qū)域內的候選基因進行序列分析，挖掘功能SNP，為開發(fā)功能分子標記提供支持。而直接一代測序成本相對較高，現(xiàn)有的高通量序列分析技術（擴增子測序、液相捕獲等）對50-200kb區(qū)間的重測序時由于樣本量通常比較小，平均到每個樣本的成本也相對較高。為了解決這一問題，上海翼和生物基于多重PCR捕獲技術，自主研發(fā)了長片段PCR打斷建庫技術，很大程度上降低了對50-200kb目標區(qū)間捕獲建庫的成本。

適用客戶

農口動植物遺傳學研究的單位

應用方向

QTL精細定位區(qū)間，少量樣本的較大區(qū)間重測序

技術原理

上海翼和生物基于自主知識產權的多重PCR捕獲技術，針對較大目標區(qū)間，自主研發(fā)了多重長片段PCR打斷建庫技術。50-200kb的目標區(qū)間常規(guī)多重PCR捕獲建庫需要250重-1000重擴增反應，引物費用昂貴。多重長片段PCR打斷建庫技術，單個擴增區(qū)間為3kb，有效區(qū)間為2.5kb，0.5kb的片段是為了滿足擴增片段的重疊，保證整體覆蓋度。50-200kb區(qū)間只需要合成的引物降低為20對-80對，降低了捕獲建庫的成本。多重長片段PCR捕獲目標片段以后，進行超聲打斷，并建立DNA文庫，在主流二代測序平臺Illumina X10上機測序，數(shù)據(jù)下機之后通過生信分析，獲取目標區(qū)間核苷酸變異信息。

技術路線

翼和特色

翼和首創(chuàng)將多重PCR技術與長片段PCR打斷NGS建庫技術結合；

每個片段有效長度為2.5kb，適用區(qū)間50kb-200kb、少量樣本重測序；

覆蓋度80%；

平均測序深度1000×，最低30×；